Le nouvel âge des fléaux du capitalisme. L’évolution constante crée des « ennemis résistants et dangereux » dans l’Anthropocène

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Si vous demandez à la plupart des gens ce que sont les virus, ils vous répondront qu’il s’agit de microbes et de bactéries. En effet, jusqu’à récemment, c’est ainsi que la plupart des scientifiques les considéraient : en 1977, les célèbres biologistes Jean et Peter Medawar ont écrit qu’un virus est « simplement une mauvaise nouvelle enveloppée dans une protéine ». Personne ne pouvait voir un virus avant l’invention du microscope électronique dans les années 1930, et à moins qu’il ne soit à l’origine d’une maladie, les scientifiques ne savaient pas qu’il fallait le rechercher. Pendant des décennies, les virus ont été classés en fonction de leur apparence et de leur impact sur la santé humaine.

Ce n’est qu’au cours de ce siècle que l’analyse génétique automatisée a permis l’identification rapide d’un grand nombre de virus, provoquant une révolution dans le domaine de la virologie. Etude après étude, les scientifiques découvrent des milliers de virus inconnus jusqu’alors, si nombreux que les efforts pour les cataloguer ont du mal à suivre et que nous n’avons aucune idée de ce que font la plupart d’entre eux (si tant est qu’ils fassent quelque chose).

Les chiffres sont ahurissants. Peut-on vraiment comprendre des chiffres tels que les 1031 virus individuels estimés sur Terre, soit 10 millions de fois plus que le nombre estimé d’étoiles dans l’Univers ? Chaque litre d’eau de mer contient environ 100 milliards de virus, et la poussière transportée par le vent transporte chaque jour quelque 800 millions de virus sur chaque mètre carré de la surface terrestre. Il y a environ mille milliards de virus dans notre corps à tout moment – certains infectent nos cellules humaines, d’autres les millions de bactéries que tous nous hébergeons, et d’autres encore ne font que passer dans notre nourriture ou notre haleine.

Comme l’écrit le biologiste évolutionniste John Thompson, ils constituent, à bien des égards, « le mode de vie le plus réussi sur terre » [3].

« Les virus sont, de loin, les entités organiques les plus abondantes que nous connaissions ; en fait, ils sont probablement plus répandus que toutes les autres formes de vie réunies… Chaque niche écologique dans laquelle on peut trouver de la vie a été pénétrée par la virosphère. Plus de 100 millions de types de virus infectent toutes les espèces d’êtres vivants, y compris les animaux, les microbes et les plantes. » [4]

La plupart des virus sont des spécialistes qui ne peuvent infecter que des espèces particulières de micro-organismes, de plantes ou d’animaux – et généralement que des types spécifiques de cellules dans des espèces particulières. La rage, par exemple, infecte d’abord les cellules musculaires de certains mammifères, puis s’attaque à leurs cellules cérébrales. Les virus Ebola ciblent les cellules du foie et du système immunitaire de l’homme, ainsi que les parois de ses veines et de ses artères. Les coronavirus infectent les cellules des voies respiratoires humaines, certains provoquant de légers symptômes de rhume et d’autres le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) ou le Covid-19.

Les virus jouent un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques* qui définissent et régissent l’ensemble du système terrestre. Certains virus tuent chaque jour des milliards d’organismes unicellulaires dans les océans, faisant couler (et finalement recyclant) des millions de tonnes de carbone organique. Environ un quart du carbone fixe passe par ces processus viraux, et cinq pour cent de l’oxygène que nous respirons provient de la photosynthèse stimulée par les virus dans les océans. De nombreux virus coexistent dans des relations symbiotiques permanentes à l’intérieur des cellules des plantes et des animaux, tuant les bactéries nuisibles, stimulant la production de substances chimiques essentielles, facilitant la digestion et bien d’autres choses encore. Environ 8% du génome humain est constitué d’ADN provenant de divers virus.

Mais dans cet article, je me concentre sur la petite minorité, une fraction d’un pour cent de toutes les espèces de virus, qui peut provoquer des maladies chez l’homme et d’autres animaux. Deux caractéristiques biologiques, communes à tous les virus, rendent ces agents pathogènes potentiels particulièrement dangereux.

1.- Les virus ne peuvent pas se reproduire seuls. Les virus ne ressemblent à aucune autre forme de vie – en fait, le débat se poursuit sur la question de savoir s’ils sont vivants ou non. Ils n’ont pas de système métabolique propre, pas de source d’énergie pour faire quoi que ce soit. Il s’agit d’une vie (si ce terme s’applique) réduite à une poignée d’instructions d’ARN (acide ribonucléique) ou d’ADN (acide désoxyribonucléique) pour faire des copies d’elle-même. Elle ne peut se reproduire qu’en pénétrant dans une cellule vivante et en détournant ses mécanismes de reproduction. Ce faisant, des centaines ou des milliers de copies peuvent être fabriquées et libérées dans l’environnement en quelques heures.

Ce processus de reproduction peut provoquer des maladies, soit en empêchant les cellules de remplir des fonctions essentielles pour l’organisme dans son ensemble, soit en provoquant une réaction excessive du système immunitaire de l’hôte, soit par une combinaison de ces deux moyens. Comme l’écrit la virologue Marilyn Roossinck :

« Si nous imaginons que les virus ont un but, c’est simplement de se multiplier. Ils ne sont pas poussés à provoquer des maladies ou à faire le bien ; ils veulent simplement produire plus de virus. Parfois, dans cette volonté de se reproduire, ils profitent à leurs hôtes, et dans ce cas, il peut y avoir une forte sélection pour maintenir la relation. D’autres fois, ils causent accidentellement du tort à leurs hôtes, surtout si eux et leur hôte ont une nouvelle relation qui doit encore être affinée par l’adaptation et l’évolution. En fin de compte, un virus s’adaptera à tout ce qui favorise sa reproduction. » [5]

Malgré le terme d’« objectifs », les virus ne recherchent en aucun cas de nouvelles cellules à infecter. Lorsqu’ils ne sont pas dans les cellules, les virus sont inertes, incapables de faire quoi que ce soit. Seul un contact accidentel avec des cellules appropriées leur permet de recommencer à se reproduire, mais comme ils sont des millions, il y a de fortes chances que certains d’entre eux infectent de nouvelles cellules et recommencent à se reproduire [6].

2.– Les virus évoluent constamment au fur et à mesure qu’ils se reproduisent. Contrairement aux cellules, les virus ne se reproduisent pas en se divisant. Ils obligent la cellule hôte à créer les protéines nécessaires, puis à les assembler en copies d’elle-même. Contrairement à l’ADN, avec sa célèbre structure en « double hélice », qui identifie et corrige les erreurs de copie lorsqu’une cellule se divise, le matériel génétique de la plupart des virus est l’ARN, qui n’a pas cette capacité de correction des erreurs. En moyenne, il y a une erreur, ou mutation, dans chaque copie d’un virus à ARN [7]. Si deux types de virus infectent la même cellule, ils peuvent mélanger leurs gènes, créant ainsi des hybrides. La plupart des mutations et des échanges de gènes affaiblissent ou désactivent le virus, mais ceux qui confèrent un avantage en termes de survie ont tendance à se répandre dans la population virale.

« Ce brassage de gènes crée des opportunités infinies pour que de nouveaux virus et particules virales évoluent et passent à travers diverses formes de vie. Ainsi, sur plusieurs milliards de générations, les anciens cousins créent des progénitures qui sont progressivement plus distinctes les unes des autres. » [8]

En substance, la combinaison des erreurs de copie et de la sélection naturelle darwinienne conduit à un grand nombre d’expériences simultanées d’évolution virale. Comme le biologiste Richard Levins l’a signalé il y a trente ans, les changements évolutifs constants donnent aux pathogènes microbiens un avantage significatif sur la science médicale.

« La composition génétique des populations pathogènes… change facilement, non seulement à long terme, mais aussi au cours d’une seule épidémie et au sein d’un seul hôte pendant un épisode de maladie. La biologie de l’agent pathogène est soumise à de fortes demandes opposées pour sélectionner l’accès aux nutriments, pour éviter les défenses de l’organisme et pour se diriger vers un nouvel hôte. Les variations de l’état nutritionnel de l’organisme, de son système immunitaire, la présence ou l’absence d’autres infections, l’accès au traitement, le régime de traitement et les conditions de transmission sont autant de facteurs qui poussent et tirent le patrimoine génétique des populations de pathogènes dans des directions différentes. Cela signifie que nous voyons constamment apparaître de nouvelles souches, qui diffèrent par leur résistance aux médicaments et aux antibiotiques, leur évolution clinique, leur virulence et leurs caractéristiques biochimiques. Certaines développent même une résistance à des traitements qui n’ont pas encore été utilisés si ceux-ci menacent la survie des agents pathogènes de la même manière que les anciens traitements. » [9]

Un virus qui tue son hôte s’éteint à moins qu’il ne puisse en infecter un autre avant la mort du premier hôte. En général, ce mouvement ne se produit qu’à l’intérieur d’une espèce, mais des infections zoonotiques peuvent se produire lorsqu’un virus passe de l’animal à l’homme. Dans ce cas, un virus inoffensif pour l’espèce d’origine peut provoquer une maladie grave, voire la mort, chez l’espèce suivante. Mais un virus ne peut pas infecter une nouvelle espèce si les conditions nécessaires au changement d’espèce ne sont pas réunies. L’écologiste Jaime García-Moreno explique que les obstacles physiques et biologiques au passage d’une espèce à l’autre ont rendu ces changements relativement rares.

« Les agents pathogènes sont souvent confinés à une espèce hôte (ou à un groupe d’espèces apparentées) et donc, bien que l’on soit continuellement exposé à de multiples agents pathogènes ayant d’autres espèces comme hôtes, la plupart d’entre eux ne peuvent pas infecter l’homme et ne l’infectent pas ; ceux qui y parviennent provoquent rarement des maladies chez l’homme et conduisent presque toujours à des chaînes d’infection brisée…

« Il est clair que la simple apparition d’un nouvel agent pathogène ne suffit pas à provoquer une nouvelle maladie, car de nombreux facteurs finissent par déterminer si un agent pathogène peut infecter un hôte potentiel et si l’infection peut se propager d’elle-même – distribution de l’hôte, libération de l’agent pathogène de l’hôte et survie, exposition de l’homme (ou d’un autre nouvel hôte) ou réponse immunitaire, pour n’en citer que quelques-uns. Nous sommes exposés quotidiennement à de nombreux virus, mais seuls quelques-uns d’entre eux ont développé les mécanismes nécessaires pour provoquer un cycle d’infection réussi chez l’homme. » [10]

Néanmoins, au fil des siècles, de nombreux virus ont réussi à faire le saut. Les premiers chasseurs ont sans aucun doute contracté des maladies mortelles à partir du sang des animaux qu’ils tuaient, dépeçaient et mangeaient, mais leurs sociétés étaient trop petites pour que les agents pathogènes puissent persister en tant que maladies humaines. La situation a changé avec la révolution néolithique, lorsque l’élevage a mis un grand nombre d’humains en contact direct et fréquent avec les animaux.

« L’élevage a créé une “manne pour nos microbes”. Lorsque nous avons domestiqué des animaux sociaux, tels que les vaches et les porcs, ils étaient déjà atteints de maladies épidémiques qui ne demandaient qu’à nous être transmises. » [11]

Mais le simple fait de passer à des hôtes humains ne garantissait pas un succès viral à long terme. Pour continuer à être pathogène pour l’homme, un virus doit être capable de passer à des humains non infectés avant que les personnes infectées ne meurent ou ne développent une immunité. Cette condition a été remplie par la formation de grandes colonies et de villes qui ont accompagné l’adoption de l’agriculture. Un grand nombre de personnes vivant à proximité les unes des autres constituait un environnement idéal pour que les agents pathogènes d’origine animale se propagent et s’adaptent à la biologie humaine.

Depuis le néolithique, des centaines de virus sont passés avec succès de l’animal à l’homme, infectant d’abord les communautés locales, puis se propageant dans le corps des soldats et des commerçants. Dans certains cas – l’invasion européenne des Amériques en est un exemple particulièrement horrible – cela a provoqué des pandémies qui ont tué des millions de personnes qui n’avaient pas développé d’immunité.

La plupart des maladies infectieuses qui touchent aujourd’hui l’homme – y compris les virus, les bactéries, les champignons et les parasites – sont apparues chez les animaux sauvages et domestiques. Selon un rapport publié en 2020, « dans le monde entier, les 13 zoonoses les plus courantes ont eu le plus d’impact sur les éleveurs pauvres des pays à revenu faible ou intermédiaire et ont causé, selon les estimations, 2,4 milliards de cas de maladie et 2,7 millions de décès chez l’homme par an » [12]. Ces chiffres ont été presque immédiatement rendus obsolètes par le Covid-19.

Le nombre d’agents pathogènes microscopiques auxquels nous sommes aujourd’hui confrontés est sans précédent dans notre histoire, et d’autres sont à venir. Comme l’a déclaré un groupe d’experts scientifiques au gouvernement états-unien en 1993 :

« Il n’est pas réaliste d’espérer que l’humanité remporte une victoire complète sur la multitude de maladies microbiennes existantes ou sur celles qui apparaîtront à l’avenir… Les microbes comptent parmi les organismes les plus nombreux et les plus diversifiés de la planète ; les microbes pathogènes peuvent être des ennemis résistants et dangereux. Bien qu’il soit impossible de prédire leur émergence individuelle dans le temps et l’espace, nous pouvons être sûrs que de nouvelles maladies microbiennes apparaîtront…

« Bien qu’il y ait peu de chances qu’un organisme choisi au hasard devienne un pathogène humain efficace, la grande variété de micro-organismes dans la nature augmente ces chances… La coévolution des agents pathogènes et de leurs hôtes animaux et humains restera un défi pour la science médicale, car le changement, la nouveauté ou la »nouveauté« font partie intégrante de ces relations… » [13]

Des changements environnementaux radicaux, motivés par la volonté inexorable du capitalisme de croître à tout prix, ont affaibli les barrières naturelles contre l’émergence de nouveaux agents pathogènes et multiplié les occasions pour les virus agressifs d’infecter l’homme. En conséquence, nous assistons à l’émergence d’un plus grand nombre de maladies zoonotiques et nous pouvons nous attendre à ce que les pandémies mondiales caractérisent de plus en plus l’Anthropocène. (Article publié sur le site de Ian Angus, Climate&Capitalism, le 14 mars 2024 ; traduction rédaction A l’Encontre – A suivre)